一：烧根，烧苗，熏棵，死株。

未经发酵的鸡粪施入棚内，在土壤中会继续发酵，产生热量同时放出氨气，冬春棚定植后为了保温会在夜间封闭所有透气孔，大量的氨气排不出去，在棚内气温提高后就会造成严重的烧根、烧苗、熏棵、死株现象，大棚内成片或者满棚死亡，贻误农时，损失工费和种苗投资。

二：诱发各种根际病害和病毒病害。

由于鸡粪造成了植株体内碳氮比失衡，加重了土壤盐泽化，致使茎基部和根部组织遭受化学创伤和严重破坏，给自身携带的大量病毒病菌、土传性带病细菌、病毒提供了入口和侵染机会，在湿度和温度一旦达到就会爆发病害。造成植株萎蔫，黄枯，萎缩不长，无花无果，甚至死亡；病毒病，疫病，茎基腐病，根腐病，青枯病成为使用鸡粪最明显的后遗症；

三：盐化棚内土壤，果实不正常。

连年使用鸡粪，土壤中存留大量的氯化钠盐，平均每立方鸡粪含盐分30-40公斤，而每亩地含10公斤盐分已经严重制约土壤通透性和活性，固化磷肥、钾肥、钙镁锌铁硼锰等重要元素，出现植株生长异常，花蕾稀落，果实不正常等减产现象，显著制约了作物产量和质量的提高。造成肥料利用率直线下降，一年不如一年，增加了投入成本50-100%；

四：滋生根结线虫。

鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，根结线虫病有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。

因此，菜地施用鸡粪必须充分发酵、腐熟。最佳的办法是，将鸡粪起堆，糊上一层泥，再盖上一层薄膜，发酵一个月以上，作基肥施用。